La administración del probiótico debe iniciarse con el tratamiento antibiótico y no cuando ha comenzado la diarrea, ya que entonces ya no resulta beneficioso.
Tratamiento de la diarrea aguda: Las revisiones sistemáticas confirman el efecto beneficioso de los probióticos, sobre todo en las gastroenteritis víricas y son más importantes en cuanto se administran de forma más temprana.
e ha confirmado que las diferentes cepas de probióticos, entre las que se incluyen L. reuteri ATCC 55730, L. rhamnosus GG, L. casei DN-114 001, y Saccharomyces cerevisiae (boulardii) son útiles para reducir la severidad y duración de la diarrea infecciosa aguda infantil.
Prevención de la diarrea aguda: Para la prevención de la diarrea infantil y del adulto solamente hay evidencias que sugieren que Lactobacillos GG, L. casei DN-114 001, y S. boulardii son eficaces en algunas condiciones específicas.
Diarrea asociada a antibióticos: En la diarrea asociada a antibióticos existe una fuerte evidencia de la eficacia de S. boulardii o L. rhamnosus GG en adultos o niños que están recibiendo antibióterapia. L. casei DN-114 001 es eficaz para evitar la diarrea asociada a los antibióticos y la diarrea provocada por C. difficile en pacientes adultos hospitalizados. Otras cepas que han demostrado elevada eficacia son E. faecium LABSF68, Bacillus clausii y mezclas como L. acidophillus + L. casei LBC80R.
Solo se han descrito efectos secundarios graves con S. boulardii en portadores de catéteres centrales e inmunodeprimidos.
Diarrea por Clostridium difficile. Se ha demostrado la efectividad y seguridad de la asociación de probióticos con antibiótico en el tratamiento de esta diarrea. Se reduce la frecuencia de efectos adversos (dolor abdominal, náuseas, fiebre, heces blandas, flatulencia,..). las cepas más eficaces fueron S. boulardii y mezclas de Lactobacilos: L. acidophilus + L. casei LB C80R y L. acidophilus + B. bifidum.
Diarrea del viajero. La ingesta de probióticos, 2 semanas antes del viaje disminuye la duración de la diarrea y la gravedad de los síntomas.
Diarrea inducida por radiación: Existe evidencia pero no definitiva sobre la eficacia de VSL#3 (Lactobacillus casei, L. plantarum, L. acidophilus, L. delbrueckii, Bifidobacterium longum, B. breve, B. infantis, y Estreptococcus thermophilus) en el tratamiento de la diarrea inducida por radiación.