Pouchitis: Hay buena evidencia que muestra la utilidad de los probióticos para impedir una crisis inicial de pouchitis (VSL#3), y evitar recidivas futuras de esta entidad luego de la inducción de su remisión con antibióticos. Se puede recomendar probióticos a pacientes con pouchitis de actividad leve, o como terapia de mantenimiento para aquellos que estén en remisión.
Colitis ulcerosa: Las cepas de E. Coli Nissle 1917 y L. rhamnosus GG son tan efectivas como la mesalazina en el mantenimiento de la remisión de la colitis ulcerosa. La mezcla de probióticos VSL#3 (L. casei, L. plantarum, L. acidophilus, L. delbriueckii ssp. Bulgaricus, B. longum, B. breve, B. infantis y Streptococcus salivarius spp. thermophilus) ha demostrado ser eficaz induciendo y manteniendo la remisión en niños y adultos con colitis ulcerosa leve a moderada.
En cuanto al uso de prebióticos, la administración de inulina (sola o con probióticos) asociada a mesalazina disminuye los marcadores inflamatorios.
Enfermedad de Crohn: Los estudios de probióticos en la enfermedad de Crohn han sido decepcionantes y la revisión sistemática Cochrane concluyó que no existe evidencia que sugiera que los probióticos sean beneficiosos para el mantenimiento de la remisión de la enfermedad de Crohn.