Varias cepas de lactobacilos y bífidobacterias, así como Bacillus clausii, parecen reducir los efectos colaterales de las terapias antibióticas y mejorar la adherencia de los pacientes.
El uso de L. rhamnosus GG, L. acidophillus, L. casei DN 114001, S. boulardii, L. reuteri ATCC 55730, L. gasseri y B. infantis 2036 junto con el tratamiento antibiótico ha demostrado que las tasas de erradicación son superiores.
Hay literatura que sugiere que, agregados a antibióticos, ciertos probióticos pueden servir como terapia adyuvante para la erradicación de la infección por H. pylori.