El empleo de FOS (oligo y polisacáridos de fructosa) se mostró efectivo en el aumento del número de deposiciones y en la reducción de su consistencia, debido al aumento de la capacidad de retención de agua en las heces y al estímulo del crecimiento de bifidobacterias como resultado de su fermentación en el colon (los efectos son dosis dependientes).
Diferentes cepas de Lactobacillus actúan aumentando el peristaltismo intestinal de los lactantes, aunque no existe evidencia suficiente.
En adultos se suelen emplear prebióticos para tratar el estreñimiento (lactulosa). Entre los probióticos se emplean cepas de Lactobacillus y Bfidobacterium, que actúan reduciendo la consistencia de las heces.