La microbiota vaginal y mamaria está formada por microorganismos que conviven en un delicado equilibrio. Su alteración da lugar a infecciones como vaginosis bacteriana, vaginitis candiadásica y mastitis (común en la lactancia).
En el tratamiento de la mastitis, causada habitualmente por Staphylococccus spp., las cepas que han demostrado mayor actividad son L. Coryniformis CECT5711, L. Fermentum CECT5716, L. Gasseri CECE5714 y L. Salivarius CECT5713. Se ha comprobado su efectividad para restaurar la microbiota mamaria y eliminar los síntomas.

Presenta una gran superioridad frente a tratamiento con antibióticos, ya que la mejoría en los síntomas es superior y las recurrencias y efectos adversos son menos frecuentes.
La aplicación de comprimidos vaginales con L. Fermentum LF15 y L. Plantarum LP01 reduce las recurrencias de vaginosis bacterianas
La vía oral es más eficaz que la vaginal y los probióticos deben de emplearse como coadyuvantes en el tratamiento con antibióticos o antigúngicos.
En la vulvovaginitis candidiásica, no existe evidencia de que haya una disminución de Lactobacillus, pero la administración vaginal de L. Plantarum I1001 ha resultado ventajosa en la prevención de recurrencias como coadyuvante del tratamiento antifúngico.
Para la diabetes mellitus gestacional existe un estudio en el que participan 256 pacientes y como conclusión se establece que su uso hace que disminuya la tasa de diabetes gestacional en las madres que tomaron el probiótico desde el primer trimestre del embarazo.