Normalmente sólo se afecta un ojo. Los síntomas son similares a los de la conjuntivitis gonocócica neonatal (intenso edema palpebral seguido de quemosis y abundante secreción purulenta), aunque más acusados, desarrollándose de 12 a 48 horas después de la exposición; son complicaciones poco frecuentes la ulceración, el absceso y la perforación corneal, la panoftalmía y la ceguera.

Los recién nacidos pueden contraer una infección de la conjuntiva por gonococos de su madre mientras pasan por la vagina. Por esta razón, en muchos países se exige que todos los recién nacidos reciban gotas para los ojos (en general de nitrato de plata, yodo de povidona o una pomada con antibióticos como la eritromicina) para matar las bacterias que pudiesen causar conjuntivitis. Los adultos pueden contraer conjuntivitis gonocócica durante la actividad sexual si, por ejemplo, el semen infectado entra en el ojo. En general sólo un ojo se ve afectado.

Entre 12 y 48 horas después de comenzar la infección, el ojo se vuelve rojo y provoca dolor. Si la infección no se trata, pueden formarse úlceras en la córnea, abscesos, el globo ocular puede perforarse e incluso puede producirse ceguera

El tratamiento consiste en administrar una dosis única de ceftriaxona 1 gramo I.M. o ciprofloxacino 500 mg 2 veces al día durante 5 días. Puede añadirse tratamiento tópico con pomada de bacitracina 500 U/g o de gentamicina al 0,3% cada 2 horas. Las parejas sexuales también deben ser tratadas. Al ser frecuente la infección genital por clamidias en los pacientes con gonorrea, todos los pacientes, excepto mujeres embarazadas, deben recibir una dosis única de azitromicina 1 g vía oral o doxiciclina 100 mg vía oral 2 veces al día durante 7 días.