Dada la baja frecuencia de este tumor, es difícil establecer cuáles son sus manifestaciones características. Normalmente se trata de lesiones de años de evolución, que por lo general han recibido diversos tratamientos. La evolución de la lesión antes del diagnóstico, en los casos descritos, ha variado de uno a 20 años.

Sus manifestaciones clínicas incluyen engrosamiento de la uña con crestas pronunciadas y deformidad en forma de embudo (como las cavidades de la carcoma o parásitos de la madera) con decoloración amarilla de la lámina ungueal y múltiples hemorragias en astilla en la parte proximal de la uña.

Curvatura transversa de la placa ungueal aumentada.

Menos frecuentemente la presentación del onicomatricoma es como una deformidad en pinza, cuernos cutáneos, melanoniquia, hemorragia ungueal, o pterigium (extensión y adherencia del pliegue ungueal proximal al lecho ungueal, secundario a cicatrización de la matriz ungueal.

Entre los diagnósticos diferenciales clínicos, se encuentran la onicomicosis y los tumores benignos y malignos de las uñas (carcinoma de células escamosas (incluyendo al carcinoma in situ o enfermedad de Bowen). Microscópicamente parecido al fibroqueratoma.Puede asimilarse además al fibroma subungueal.

La avulsión de la placa ungueal en el onicomatricoma revela proyecciones como dedos originándose en un tumor velloso de la matriz ungueal.