La leche materna aporta su propia microbiota y su sustrato al lactante estimulando su crecimiento. Se han realizado ensayos controlados y aleatorizados que demuestran el beneficio de los probióticos e la prevención de las infecciones gastrointestinales agudas en lactantes y niños sanos.
Entre las cepas tenemos L. rhamnosus GG, S thermophilus y B. lactis.
Se ha contrastado que los prebióticos en concentraciones suficientes y con una relación FOS/GOS adecuada, facilitan la formación de un ecosistema intestinal similar al que genera la leche materna y protegen frente a enfermedades.
La ESPGHAN considera que han que realizar más estudios, aunque hasta la fecha se han demostrado que son innócuos.